根本原因在于土壤微生物。新开发土壤中的微生物是丰富多样的，既有真菌、细菌、放线菌，也有原生动物，既有能够帮助分解根系分泌物、分解有机质、分解有害物质、释放土壤肥力、分泌蛋白酶、分泌抗生素等的有益微生物存在，同时也存在着喜欢在逆境情况下（厌氧、高温、高湿、干旱等）生长，以作物为营养和食物来源的有害微生物。优良的土壤环境孕育了大量而种类丰富的有益微生物，与此相反，有害微生物的生存环境则相对较恶劣，既有来自于土壤环境的限制，也有来自于天敌或竞争对手——有益微生物的大力打压，生存空间极少，大多选择休眠状态。随着我们人为的干扰和破坏，如连作、不合理施用化肥和农药以及不合理灌溉，造成土壤酸化、盐渍化、板结、通气性下降、重金属污染、有机质下降等系列问题。极大限制了有益微生物的繁殖，相反，连作为有害微生物的繁殖提供了丰富的营养和寄主，土壤微生物派系逐渐发生逆转，有害微生物逐渐占据上风，根区土壤微生物生态失衡，结果土传病虫害开始爆发。这就是土传病虫害的根本来源。
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